Di tingkat pemerintah pusat, untuk program tahun 2019-2021, 5 (lima) kementerian terlibat langsung dalam pelaksanaan PHJD dan 1 (satu) intitusi independen yang terlibat dalam proses pengawasan/monitoring/evaluasi setelah pelaksanaan PHJD selesai di setiap daerah penerima hibah, yaitu: